奈良時代、宇治の山奥から金堂二臂千手観音が出現し、これを喜んだ光仁天皇が御室を建てて祀ったのがはじまり。本山修験宗の別格本山です。当初は「御室戸寺」と呼ばれていましたが、その後、光仁・花山・白河の三天皇の離宮になったことから「三室戸寺」と称されるようになったと言われています。
　花の寺として知られ、特に紫陽花、蓮の花の名所として有名です。西国三十三所観音霊場第10番札所。