1160年に後白河院が紀州の熊野権現本宮の祭神を勧請し、法住寺殿の鎮守社としたのがはじまり。平清盛によって社殿が造営されましたが、応仁の乱以降、度々の戦火に見舞われ荒廃。それを再建されたのが、江戸時代初期、後水尾天皇の中宮東福門院で、現在の本殿は、聖護院の道寛法親王（後水尾上皇の皇子）が再建したものです。
　境内の大樟は後白河上皇お手植と伝えられており、健康長寿、病魔退散、特にお腹の神様として信仰を集めています。また足利義満はここで初めて観阿弥・世阿弥親子の能を見たといわれ、能楽発祥の地と呼ばれています。京都三熊神社の一つ。